Во время Великой Отечественной войны в институте, в кратчайшие сроки, было организовано производство продуктов оборонного значения:
- пиротехнических материалов, воспламеняющейся жидкости и специальных деталей для противотанковых гранат, препаратов для сенсибилизации порохов;
- метилхлорида для контрольно-измерительной аппаратуры авиации;
- монометиланилина (контактная технология), повышающего октановое число авиационного бензина;
- проявителей повышенной степени чистоты;
- фармацевтических средств (белого стрептоцида, антифебрина и сахарина и др.), кровеостанавливающего, противошокового и противоожогового препаратов;
- нового импрегната для обмундирования, красителей защитного цвета, маскировочных пигментов и др.
В 1941-1943 г. на базе эвакуированного института, создан филиал НИОПИК в г. Кемерово.
Оказание технической помощи восточным заводам в освоении и эксплуатации производств органических продуктов (нитробензола, фталевого ангидрида и др.). Производство сульфамидных препаратов (стрептоцида, сульгина, сульфидина, антифебрина, сахарина), красителей цвета хаки для военного обмундирования, моющих веществ и других химикатов, необходимых фронту.